Wdrożenie Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) jako obligatoryjnego modelu dokumentowania obrotu B2B nie wyeliminowało z obrotu gospodarczego faktur przesyłanych w tradycyjnych formatach (PDF, e-mail). Choć ustawodawca dąży do pełnej strukturyzacji danych, rzeczywistość biznesowa: awarie techniczne, błędy kontrahentów czy brak gotowości systemowej dostawców, generuje sytuacje, w których nabywca otrzymuje dokument poza systemem centralnym.
Z perspektywy dyrektora finansowego i zespołów księgowych kluczowe staje się pytanie:
Czy techniczne uchybienie dostawcy może pozbawić nabywcę prawa do odliczenia VAT i ujęcia wydatku w kosztach uzyskania przychodów (KUP)?
Prymat treści nad formą: Lekcja z orzecznictwa TSUE
Fundamentalną zasadą systemu VAT jest neutralność podatku dla przedsiębiorcy. Organy podatkowe często prezentują rygorystyczne podejście, uzależniając prawo do odliczenia od technicznej poprawności dokumentu. Jednak ugruntowana linia orzecznicza Trybunału Sprawiedliwości UE (TSUE) stoi w opozycji do takiego formalizmu.
W przełomowym wyroku w sprawie C-235/21 (Raiffeisen Leasing), TSUE sformułował tezę, że nawet umowa może pełnić funkcję faktury, jeśli zawiera dane niezbędne do weryfikacji materialnych przesłanek powstania obowiązku podatkowego.
Przenosząc to na grunt KSeF: jeśli dokument PDF zawiera precyzyjne dane stron, przedmiot transakcji oraz kwotę podatku, to brak jego ustrukturyzowania w formacie XML nie może automatycznie skutkować odmową prawa do odliczenia VAT. Wyrok ten pozostaje szczególnie istotny także po wdrożeniu obowiązkowego KSeF, ponieważ wzmacnia argument, że dla prawa do odliczenia decydujące znaczenie mają przede wszystkim przesłanki materialne i możliwość weryfikacji transakcji, a nie wyłącznie techniczny kanał przekazania dokumentu.
Skoro według TSUE sama umowa może być dowodem, tym bardziej kompletna merytorycznie faktura PDF zachowuje swoją moc dowodową, o ile transakcja faktycznie miała miejsce.
Gerard Goliasz
Stanowisko Ministerstwa Finansów i KIS w 2026 roku
Analiza podręcznika „KSeF 2.0” oraz najnowszych interpretacji indywidualnych (m.in. 0114-KDIP1-3.4012.804.2025.1.JG; 0112-KDIL1-3.4012.864.2025.1.KM) pokazuje, że resort finansów i KIS dostrzegają różnicę między obowiązkiem wystawcy a uprawnieniem nabywcy, ale jednocześnie coraz większe znaczenie przypisują prawidłowemu ustaleniu rodzaju dokumentu oraz momentu jego „otrzymania” dla potrzeb VAT.
Szczególnej uwagi wymagają faktury wystawione zgodnie ze wzorem właściwym dla faktury ustrukturyzowanej i przekazane nabywcy elektronicznie poza KSeF (np. jako XML, PDF lub wizualizacja), ale jeszcze nieprzesłane przez sprzedawcę do systemu. Taki dokument, jeżeli został wystawiony i otrzymany elektronicznie, może być traktowany jako faktura elektroniczna, ale nie jest jeszcze fakturą ustrukturyzowaną w rozumieniu ustawy, dopóki nie zostanie przesłany do KSeF i nie otrzyma numeru identyfikującego.
- Data otrzymania a moment odliczenia VAT: w przypadku „zwykłej” faktury elektronicznej przekazanej poza KSeF znaczenie ma co do zasady data jej faktycznego wpływu do nabywcy. Jednak w odniesieniu do faktur wystawionych prawidłowo w trybie offline24 albo w okresie niedostępności KSeF, KIS przyjmuje bardziej formalne podejście: jeżeli faktura zostanie następnie przesłana do KSeF, to – co do zasady – za datę jej otrzymania uznaje się moment nadania numeru KSeF, a nie wcześniejszą datę otrzymania pliku XML, PDF czy wizualizacji. Dopiero ten moment ma wyznaczać okres odliczenia VAT, oczywiście przy spełnieniu pozostałych przesłanek ustawowych.
- Wyjątek praktyczny: jeżeli wystawca – mimo ustawowego obowiązku – ostatecznie nie prześle takiej faktury do KSeF, wówczas, zgodnie z linią zaprezentowaną przez KIS, odliczenie może być rozważane już w okresie faktycznego otrzymania dokumentu poza KSeF albo w jednym z trzech kolejnych okresów rozliczeniowych.
- Koszty Uzyskania Przychodów (CIT): Wadliwość formalna faktury w zakresie KSeF nie przerywa związku przyczynowo-skutkowego wydatku z przychodem.
To podejście rodzi jednak istotny problem operacyjny
W chwili otrzymania przez nabywcę pliku XML, PDF albo wizualizacji nabywca często nie wie jeszcze, czy sprzedawca wprowadzi dokument do KSeF, a jeśli tak – kiedy to nastąpi. Właśnie dlatego bezpieczne rozliczenie VAT wymaga dziś nie tylko weryfikacji samej treści dokumentu, ale również wdrożenia procedury pozwalającej ustalić, czy dla celów odliczenia mamy do czynienia z fakturą „otrzymaną faktycznie”, czy z dokumentem, którego moment otrzymania – zgodnie z podejściem KIS, zostanie przesunięty na datę nadania numeru KSeF.
Protokół Należytej Staranności: Jak uniknąć pułapek?
Nabywca, otrzymując fakturę poza KSeF, musi wykazać się aktywnością, która w razie kontroli potwierdzi jego dobrą wiarę. Brak reakcji na fakturę PDF może zostać uznany za niedopełnienie obowiązków rzetelnego przedsiębiorcy.
Wdrożenie poniższej procedury minimalizuje ryzyko zakwestionowania rozliczeń, co równie ważne, pozwala ustalić właściwy okres odliczenia VAT, zależny od kwalifikacji dokumentu i daty jego „otrzymania” dla celów podatkowych.
| Krok | Działanie | Cel dowodowy |
| 1 | Weryfikacja materialna | Potwierdzenie wykonania transakcji i zgodności danych z PDF/XML/wizualizacji ze stanem faktycznym. |
| 2 | Kwalifikacja rodzaju dokumentu | Ustalenie, rodzaju otrzymanego dokumentu. Od tego zależy, czy dla VAT liczy się data faktycznego wpływu, czy potencjalnie data nadania numeru KSeF. |
| 3 | Archiwizacja komunikacji | Zabezpieczenie e-maila/oświadczenia dostawcy o przyczynach braku faktury w KSeF (awaria, błąd). |
| 4 | Monitoring KSeF | Sprawdzenie, czy ten sam dokument nie wpłynął do KSeF z opóźnieniem i kiedy otrzymał numer identyfikujący (eliminacja ryzyka podwójnego ujęcia i rozliczenia w niewłaściwym okresie). |
| 5 | Decyzja o okresie odliczenia VAT | Udokumentowanie, czy VAT odliczono według daty faktycznego otrzymania dokumentu, czy według daty nadania numeru KSeF. |
| 6 | Ewidencjonowanie | Księgowanie z oznaczeniem statusu dokumentu, np. „poza KSeF”, „oczekiwanie na KSeF”, „numer KSeF nadany”, aby ograniczyć ryzyko błędnego lub podwójnego ujęcia. |
Przy ustalaniu prawa do odliczenia VAT, można posiłkować się najnowszym orzecznictwem europejskim. W wyroku Sądu UE z 11 lutego 2026 r. w sprawie T-689/24, I. S.A. przeciwko Dyrektorowi Krajowej Informacji Skarbowej, zakwestionowano nadmiernie formalistyczne podejście do momentu odliczenia VAT. Orzeczenie wzmacnia argument, że pierwszoplanowe znaczenie powinny mieć przesłanki materialne oraz zasady neutralności i proporcjonalności VAT.
Z perspektywy praktyki KSeF nie oznacza to jeszcze, że każdą fakturę otrzymaną poza systemem można automatycznie rozliczać według daty faktycznego wpływu, ale stanowi istotny kontrapunkt dla krajowego formalizmu i wzmacnia potrzebę dokumentowania zarówno momentu otrzymania pliku, jak i dalszych losów dokumentu w KSeF.
Dlaczego warto analizować każdą taką fakturę?
Największym zagrożeniem nie jest sam brak dokumentu w KSeF, ale chaos księgowy. Sytuacja, w której ta sama faktura trafia do ewidencji raz jako PDF, a miesiąc później jako dokument ustrukturyzowany, generuje ryzyko zawyżenia podatku naliczonego.
Po najnowszych interpretacjach KIS ryzyko dotyczy już nie tylko podwójnego ujęcia, ale również ujęcia w niewłaściwym okresie – zwłaszcza wtedy, gdy dokument najpierw trafia do nabywcy poza KSeF, a następnie zostaje „dokończony” przez sprzedawcę poprzez przesłanie do systemu. Dlatego organizacje powinny wdrożyć procedurę, która zapewni, że odliczenie VAT następuje w prawidłowym okresie, po ustaleniu z jakim dokumentem mamy do czynienia i jaka data otrzymania jest relewantna dla VAT.
W KR Group wspieramy Klientów w projektowaniu procedur obiegu dokumentów, które skutecznie chronią przed skutkami błędów kontrahentów. Bezpieczeństwo rozliczeń wymaga dziś połączenia wiedzy podatkowej z technicznym zrozumieniem systemów raportowania.
Zapraszamy do kontaktu w celu audytu Państwa procedur KSeF.
